应用拓展 DynaSCOPE™单细胞转录动态监测（注射版）试剂盒上市啦

承前启后：DynaSCOPE^TM单细胞转录动态监测试剂盒已于4月21号重磅上市，立刻在市场上取得激烈的反响，针对模式动物实验研究的应用场景，新格元正式推出：单细胞转录动态监测（注射版）试剂盒~~~

从标记细胞悬液到标记模型动物

如何给单细胞转录组加一个时间齿轮？

在开始介绍注射版的动态监测试剂盒之前，让我们先来重温一下DynaSCOPE^TM如何实现单细胞层面转录动态检测的。DynaSCOPE^TM海量单细胞转录动态监测试剂盒通过结合RNA代谢标记技术与单细胞测序技术，可在高效构建单细胞转录组测序文库的同时，有效标记细胞内新生RNA，从而在单细胞层面解析成千上万个细胞的转录图谱，洞悉其转录动态。

B cell 亚群新生RNA比例较高 

新生RNA代谢标记是通过将尿嘧啶类似物(S⁴U)注射入模式小鼠体内进行短时间的体内代谢，随着细胞的新陈代谢，在细胞内新合成的RNA分子中尿嘧啶类似物(S⁴U)不断的替代RNA中尿嘧啶（U）分子，而已经存在的RNA分子中不存在尿嘧啶类似物(S⁴U)。

RNA分子中引入的嘧啶类似物(S⁴U)可以在转换试剂的作用下变成胞嘧啶（C）的类似物。以RNA分子为模板合成cDNA的过程中，反转录酶会将该胞嘧啶类似物识别为胞嘧啶，从而导致合成的cDNA中原本应该为碱基A的位置被错配成为碱基G，该突变会进一步引入单细胞转录组测序文库中。单细胞测序数据分析阶段，通过识别该A to G的转换，可有效区分“新”“旧”RNA分子。

为什么要用注射版？

养过细胞的老铁都知道，部分组织在解离后细胞活性高，体外培养一段时间后，细胞活性下降较快。以小鼠小肠为例，取组织解离之后的细胞活性可以达到85.11%，培养1h之后，下降为50%左右（下表，不加标记为50.0%,加标记为54.2%）。

表1：两种标记方式细胞活性比较

可不可以在细胞离体前就对细胞内RNA代谢进行标记呢？

注射版试剂盒可以~~~

注射版试剂盒可以减少体外细胞培养对细胞状态的影响，直接注射到模式动物体内也解决了脆弱型细胞在体外培养时活性严重降低的问题。针对不同的应用场景，注射版专注于活体培养实验的设计。具体地讲，选择注射版：

• 高效衔接动物模型的特定实验设计，可增加RNA动态转录信息作为评估指标；
• 降低实验的复杂程度，无需根据不同的组织类型调配合适的细胞培养基；
• 避免细胞培养过程中离体细胞由于环境胁迫，转录过程发生阻滞；
• 减少了细胞离体培养过程中潜在的污染风险；
• 保留组织特异性信息，保留细胞通信条件，还原细胞间真实调控状态；
• 保持活体稳态内环境，器官内微环境，还原细胞内动态调控信息。

数据表现如何？

如表1所示，对于小鼠小肠组织如采用腹腔注射培养2h之后再取小肠组织，解离后细胞活性可达84.3%，远高于细胞离体培养1h之后的细胞活性。取两只小鼠，一只腹腔注射RNA代谢标记物(intestines-treated ),一只作为对照组(intestines-control)，培养2h之后取小肠组织，分别使用新格元DynaSCOPE^TM Single Cell Dynamics RNA Library Kit (in vivo)与 GEXSCOPE^® Single Cell RNA Library Kit进行组织解离、细胞分离、文库构建、上机测序得到小鼠小肠动态转录组数据和参考数据(reference)。

使用新格元平台单细胞分析软件CeleScope(github: https://github.com/singleron-RD/CeleScope)可快速得到单细胞动态转录组可视化报告以及下游分析数据。针对测试的小鼠小肠组织，我们可以看出：RNA代谢标记与对照组在图谱分群上没有差异，说明代谢标记不影响细胞分群；在本次实验中，获得九种细胞类型，其中亚群epithelial progenitor的新生RNA比例较高，该亚群细胞转录活性较高。

基于动态转录组数据还可以获得更多生物信息，如有多种可视化转录活性的方法，用小提琴图可以更加清晰地展示不同亚群的转录活跃程度。针对本实验，用小提琴图可以看出：上皮祖细胞、部分B细胞、部分平滑肌细胞和部分杯状细胞转录较为活跃。

注射版试剂盒我们如何做？

一张图够不够~

我该如何选择？

注射版与细胞培养版动态转录组试剂盒是针对不同研究场景开发的两款相互补充的试剂盒。如果在您的研究中涉及到的细胞类型比较脆弱，离体培养时细胞活性下降较快，我们推荐您使用注射版试剂盒。

如果您更加关注细胞体外培养的状态，或者更多地希望利用细胞系开展动态转录组研究，我们推荐您使用细胞培养板版试剂盒。更多动态转录组实验方案设计与产品细节可与新格元当地销售联系，新格元为您定制动态转录组研究方案。

DynaSCOPE^TM应用领域，如下图所示：

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